一代：2157年，人類發現他們在宇宙中并不是孤獨的；主角Shepard作為星盟（銀河系聯盟，類似聯合國）中第一個人類“幽靈特工”（星盟專屬特工，不屬于任何其他勢力的控制），奉命調查背叛星盟的前“幽靈特工”之王：薩倫。在這個過程中主角發現薩倫背后還有個BOSS：霸主（一個Reaper，收割者），他們計劃在神堡（星盟總部）內殺死所有成員，摧毀星盟。主角力挽狂瀾，消滅了敵人：這里你可以選擇讓人類加入星盟（成為常任理事），也可以選擇讓人類控制整個星盟。

二代：事情遠沒有結束，主角在2代中開始被收割者追殺而死，之后被幻影人復制救活（幻影人，塞普魯斯組織首領）。主角在調查真相的時候發現收集者（收割者征服之后創造的一種半生物半機械物種）是銀河系傳說中早已經滅絕的最先進的智慧生物：普洛仙人（神堡和質量效應中繼器都是他們留下來的），主角聯合眾人通過重重戰斗終于摧毀了質量效應4號中繼器以及Reaper在銀河系的基地。

三代：3700萬年前收割者來到了這里（一艘巨大的飛船），它是一種非常巨大的半有機、半無機的生命體。雖然失去動力,但是核心仍然在運作,通過電磁脈沖的形式影響周圍或者內部的有機生命；它們每隔50000年就會出現一次，收割銀河系中最高的智慧文明種族（化為己用，融合），并將該文明徹底消滅。在這個50000年的輪回里，收割者發現主角的表現超過預期，它對人類相當的感興趣。質量效應4號中繼器被摧毀之后，它決定親自上場·········

注解Reaper：收割者，一種外來的種族，其文明科技程度遠遠高于銀河系；它們每50000年收割一次·········神堡：星盟的總部，曾今銀河系最先進的文明種族普洛仙人留下的，也是收割者每次進行收割時的地方，一個陷阱。幻影人：塞普魯斯組織首領，塞普魯斯是一個人類組織，一代中是個恐怖組織，似乎并不可完全信任。質量效應中繼器：擁有外太空跳躍(又叫折疊)技術的一種巨型超時空傳送器,宇宙中一切"云游"都只能靠它來完成。質量效應4號中繼器：被收割者控制,幾千年來從未有飛船能穿越,都是有去無回。

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